根据《武器装备科研生产单位保密资格标准》要求，武器装备科研生产单位涉密人员应按以下流程进行管理：

1.单位应当对岗位和人员的涉密等级作出界定。

涉密岗位和人员的涉密等级分为核心、重要和一般三个等级。

2.涉密人员的涉密等级，应当根据情况变化，及时进行调整。

3.进入涉密岗位的人员应当通过审查和培训，签订保密承诺书，并定期组织复审。

4.单位应当对在岗涉密人员进行保密教育培训，每人每年度不少于15学时。

5.涉密人员严重违反保密制度的，应当及时调离涉密岗位。

6.单位应当每年对涉密人员进行考核，考核不合格的，应当及时调离涉密岗位。

7.单位应当根据涉密人员的涉密等级，给予相应的保密补贴。

8.单位应当及时将涉密人员在公安机关出入境管理机构备案。涉密人员出国（境）应当履行审批程序，出国（境）前单位应当对其进行保密教育，返回后及时进行回访。擅自出国（境）或者逾期不归的，单位应当立即向上级机关、单位和有关部门报告。

9.单位应当对涉密人员的出入境证件实行统一管理。

10.挂职返聘借调、学习实习人员从事涉密工作以及临时参与涉密业务的，由用人单位按照涉密人员进行管理。

11.涉密人员离岗离职，应当在离岗离职前清退保管和使用的国家秘密载体、涉密信息设备、涉密存储设备和密品等，并与单位签订保密承诺书，明确应当承担的法律责任和具体脱密期限。单位应当按照有关规定对其实行脱密期管理。